import numpy as np h = np.array([1,2,np.nan,np.inf,np.nan,5,np.nan,np.inf,-np.inf]) s = np.argsort(h) s array([8, 0, 1, 5, 3, 7, 2, 4, 6]) np.sort(h) array([-inf, 1., 2., 5., inf, inf, nan, nan, nan])